农民专业合作社是在不断适应市场经济的过程中而产生的新型合作经济组织，也是农村经营体制改革的创新产物，在加快农村产业结构调整，推动标准化生产，促进农业增效、农民增收和农村经济持续发展等方面发挥着重要作用。
2007年7月1日《农民专业合作社法》实施以来，各级政府对此高度重视，农委、农经、财政、工商、供销等政府部门积极发挥职能作用，有力地支持合作社发展，国家级示范社、省级示范社层出不穷，合作形式不断丰富，合作范围不断扩大，发展质量不断提升。但仍存在一些问题亟待解决，主要表现以下几个方面：一是服务能力较弱。多数农民专业合作组织户数少、规模小，带动能力弱，与农户的联结不够紧密；有的合作社服务停留在生产或销售的个别环节上，没有形成产供销一体化；大多数合作社缺少大区域的协同合作，市场开拓能力有限，难以抵御大的自然灾害和市场风险。二是运营不够规范。合作社在内部管理规范、收益分配制度以及合作社激励、约束、机制健全达到标准化的比例还不高，部分合作社有的是只注册不运作，有的是只运作不合作，还存在诸如没有成员分户账簿、没有盈余返还、没有成员与非成员区别，重大事项的民主管理制度不健全。三是社员素质偏低。农民专业合作社中懂技术、会管理、市场开拓能力强的复合型高级人才较少，会员的小农意识较浓，普遍看重眼前利益，缺乏利益共享、风险共担、长期合作的思想，直接影响合作社的发展壮大。四是业务指导薄弱。一些干部对农民专业合作社的积极作用认识不足，更看不到农民专业合作社是实现“农超对接”最有利的形式，消极对待，支持和参与的力度不够大。因此建议：
一、加强领导体系，制定发展规划。要对发展农民专业合作社工作加强领导，进一步强化主管部门的职责，建立健全市、镇、村专门领导体系和长效协作服务机制。对农委、供销、工商、税务、金融、财政、保险、商业等部门统一调度，明确责任，形成协调联动促发展的合力。对县市区具有优势的产业资源、产品资源和人才资源进行全面考察，制订发展规划，明确在长期、中期和近期内的工作目标和工作措施，落实工作责任，确保目标实现。
二、制定具体政策，加大扶持力度。政府各项支农资金应适当向专业合作社倾斜，积极争取到国家对农民专业合作社示范项目建设资金的支持，鼓励各类金融机构加大信贷资金投放，在贴息贷款和小额信贷上予以倾斜。推动专业合作社与银行和保险部门合作，化解投入风险，实现互动多赢。开展鲜活农产品“农超对接”试点，积极探索推动鲜活农产品销售的有效途径和措施。积极推动农村土地向规模生产、集约化经营的专业合作社集中，促进传统农业向现代农业转变。
三、完善内部机制，加强监督管理。坚持依法建社，充分体现“民办、民管、民受益”的原则，实行农民入社自愿、退社自由、自主经营、自我服务、民主管理。严格按照《农民专业合作社法》和管理章程规范现有的合作社，充分发挥合作社理事会和监事会的作用，加强民主管理和外部的监督管理，让制度保障生产、经营和管理过程公开透明，认真规范股权结构、财务制度和利益分配机制，做好财务审计工作，建立严格的财务制度，为引进扶持资金创造良好条件。同时，要按照农业部制定的《农民专业合作社示范社创建标准（试行）》，深入开展示范社的创建活动，以促进农民专业合作社的整体水平的提高。
